部分原劇情

黑衣組織半個世紀前就開始策劃某個大計劃。宮野厚司、宮野艾蓮娜夫婦進入黑衣組織，參與APTX4869的研究，后「意外死亡」，留下女兒宮野明美與宮野志保。志保到美國留學，后回日本繼續研發APTX4869，代號雪莉。組織殺手貝爾摩得殺害了一個一直在調查組織的FBI探員，並放火燒了他的家。探員年幼的女兒茱蒂·斯泰琳幸免於難，並被她父親的同事保護起來，長大后加入FBI。茱蒂對貝爾摩德所說的「Asecretmakesawomanwoman」一直印象深刻。女明星莎朗·溫亞德（即貝爾摩得）和工藤有希子一起向魔術師黑羽盜一學習易容術並成為好友。

龍舌蘭找到板倉卓，命他開發一種系統軟體，但遭拒。組織之後不斷騷擾板倉卓，最終迫使他就犯。

毛利蘭在紐約遇到追捕銀髮殺人魔的FBI搜查官赤井秀一，又在廢倉庫遇到逃亡中的受傷的銀髮殺人魔。殺人魔想將工藤新一和蘭滅口，因欄杆斷裂而從高處掉落，被二人所救。事後殺人魔被發現自殺，但是可疑的是現場所有的痕迹都被抹去。（被蘭所救的殺人魔實為貝爾摩得假扮，「自殺」的殺人魔為貝爾摩得所殺）

莎朗假死，以女兒克麗絲的身份繼續生活下去。

新一在與蘭去遊樂場玩時目睹了組織的地下交易，被琴酒、伏特加發現，強行灌藥變小。新一將此事告知阿笠博士，后決定隱藏身份，化名江戶川柯南，寄住在毛利小五郎家，轉入帝丹小學。