DP劇場版三部曲介紹
迪亞魯加VS帕魯基亞達庫萊伊
時間和時空，迪亞魯加和帕魯基亞，兩個不應該遇到的強大力量在時空的夾縫中相遇並且開始了激戰。1⑹αр.⑴⑹ｋｘｓ.CＯＭ整理小智、小光和小剛三個人來到了阿拉莫斯鎮，那裏有一個時空之塔，時空之塔同時也是個巨大的樂器，他們在那裏遇到了被稱為邪惡的寵物小精靈－達庫萊伊，達庫萊伊讓小智做了一個奇怪的夢，當小智醒來時，人已經在精靈中心，達庫萊伊也不見了。之後，阿拉莫斯鎮被轉移到了另一個空間，所有人都無法離開阿拉莫斯鎮，大家都認為是達庫萊伊乾的，達庫萊伊出現后遭到了大家的圍攻，而達庫萊伊讓寵物小精靈們都睡着而且還做噩夢，應為達庫萊伊的力量，夢中寵物小精靈出現在了現實世界。達庫萊伊向時空之塔的塔頂飛去但被彈了回來，之後，掌管空間的神－帕魯基亞出現了，寵物小精靈們也從噩夢中醒了過來。原來時空的錯亂是因為帕魯基亞被迪亞魯卡打傷，躲到了阿拉莫斯鎮養傷才造成的，而達庫萊伊知道這一點，所以才在阿拉莫斯鎮出現。達庫萊伊為了趕走帕魯基亞，就和他開始了戰鬥，然而從天上又有攻擊打了下來，掌管時間的神－迪亞魯加也出現了。迪亞魯加和帕魯基亞之間又開始激戰，也是應為他們的戰鬥，時間與時空碰撞后，時空開始不穩定，阿拉莫斯鎮也在漸漸的消失，然他們停止戰鬥的方法就是到時空之塔的塔頂，讓時空之塔開始演奏樂曲。於是小智和小光就朝着塔頂出發了。迪亞魯加和帕魯基亞開始使用他們最強的技能－時間咆哮和空間爆破，如果這兩招碰撞到一起的話，這個空間就不保了，阿拉莫斯鎮也會消失，達庫萊伊上前壓制住了他們，可是受到了他們的同時攻擊，達庫萊伊消失了。迪亞魯加和帕魯基亞又開始使出了最強技能，就在千鈞一髮的時刻小智他們讓時空之塔開始演奏樂曲了，迪亞魯加和帕魯基亞也停止了攻擊，並且離開了阿拉莫斯鎮，阿拉莫斯鎮變回了原樣，達庫萊伊也重生了。
騎拉帝納與冰空的花束雪米
一隻可愛的寵物小精靈，也就是雪米在樹林里找到一個池塘，正當它要喝水的時候，迪亞魯加出現了，這時，在池塘的中央出現一個洞，迪亞魯加會被吸進去，他權力逃出，但被騎拉帝納拉了進去，雪米被波及到，也被吸了進去，原來黑洞的另一面就是只有騎拉帝納存在的真實世界的另一面－反轉世界，迪亞魯加和騎拉帝納開始了戰鬥。雪米吸收了反轉世界的黑霧，使出了種子閃光彈，竟然開啟了通往真實世界的洞，迪亞魯加利用那個洞逃了出去，雪米也離開了反轉世界，而騎拉帝納由於迪亞魯加的原因無法離開反轉世界。小智一行人正打算吃飯，可是他們的煎餅被身上都是灰的雪米吃掉了，小光把雪米洗了一下，雪米竟然說話了，但是它發燒了。小智等人把雪米帶到了精靈中心，雪米的燒也退了，雪米喜歡說完話后加上：「的說」，它的口頭禪就是：「要感謝雪米的說」。原來雪米有一個習性－花運，雪米群會在每年固定的時間前往一個花田，然後從那裏出發創造新的花田，這就是花運。而這個是落隊的雪米，雪米然小智他們幫它尋找花田，如果遲到的話，會被同伴拋棄的，於是，小智等人就出發去尋找花田了。在半路上，雪米被火箭隊抓走了，而在柱子上出現了洞火箭隊、雪米、小智和小光被吸進了反轉世界，騎拉帝納為了抓住雪米而開始攻擊小智他們，而他們在反轉世界裏認識了研究反轉世界的人－無限·格雷斯蘭德，他帶着小智他們離開了反轉世界，而他還要就在反轉世界繼續研究。小智等人有開始前往花田，在路上遇到了本故事的壞人－零，他騎在飛在的天上的工具上，手下是一大群小磁怪，三合一磁怪和一個磁浮王，他的目的也是雪米，小智等人為了躲避他的攻擊，逃上的火車，正好那輛火車會到碼頭，坐船可以到花田。火車上有個人有格拉西帶亞之花，雪米吸收了格拉西帶亞之花的花粉變成了天空形態，原來雪米只要吸收了格拉西帶亞之花的花粉就能變成天空形態了，變成天空形態的雪米可以飛翔。小磁怪們追了過來，雪米、圓企鵝和皮卡丘打走了他們。他們下了火車后換乘船向花田出發了，但是又出現了洞，把小智他們吸了進去，而零也利用那個洞進入了反轉世界。雪米和騎拉帝納戰鬥，但是到了晚上，雪米變回了大地形態，雪米只能在白天變成天空形態。無限又救了他們，火箭隊成了無限的助手，但是小磁怪們把雪米和小智他們抓了起來，把黑霧引到他們那裏，那黑霧有毒，如果吸了黑霧就會有生命危險，雪米為了就他們，吸收了黑霧，雪米吸收了黑霧后使用了種子閃光彈，這樣就不會有危險，但是這樣就會開啟通往真實世界的洞，原來騎拉帝納就是為了這個所以才要抓雪米，騎拉帝納利用那個洞離開了反轉世界，而這也就是零的目的了，他想讓騎拉帝納離開反轉世界，到了冰山前面的花田，那就是雪米要找的花田－格拉西帶亞花田，雪米變成了天空形態。零在真實世界抓到騎拉帝納，零用了一個超大的戰艦，大反轉號，他捉住了騎拉帝納，複製他的力量，小智和小光在戰艦上對付小磁怪們，騎拉帝納的力量複製了99％就被無限弄停了，可是他把戰艦的所有機能全部停了，大反轉號就要墜落了，無限、小智和小光利用零的飛在的天上的工具離開了大反轉號，零也利用小型戰艦離開大反轉號，小型戰艦已經複製了騎拉帝納的力量了，騎拉帝納快死了的時候，雪米用芳香治療救活了他，零進入了反轉世界，小智和雪米也進了反轉世界。應為反轉世界和真實世界是相連的，所以零利用反轉世界破壞真實世界，冰山開始移動，這樣下去，花田和前面的城市都會被毀掉，大家儘力阻止冰山移動但是都沒用，危機時刻，雷吉奇卡斯和一大群猛獁出現了，他們一起阻止冰山的移動。零被騎拉帝納打出了反轉世界而且被壓在了冰下，他的計劃失敗了，騎拉帝納他們也出了反轉世界，之後騎拉帝納飛走了，無限說因為迪亞魯加在附近。雪米和其他的同伴一起離開了花田。
阿爾修斯超克的時空
故事情節（第一回）
繼續旅行的小智一行來到了四周環繞着豐富自然景觀的河畔之城米琪那。這座城中有幾千年前的神殿遺址，小智一行向位於巨大岩山上的遺跡前進。岩山山頂有一片巨大的湖，遺跡就建在湖邊。小智一行陶醉在美麗的湖光之中。然而，湖面波瀾驟起，水上形成了龍捲風，向小智一行迫近。眼看就要被龍捲風捲起來的時候，忽有一位女子伴着[迪亞魯加，拜託你了！]的聲音出現。下一個瞬間，空間被割裂開，迪亞魯加的身影出現…
女子名叫西娜，是遺跡的守護者。據說她有和神奇寶貝心意相通的能力。西娜將小智一行引入遺跡，用時空儀逐一介紹了迪亞魯加、帕魯奇亞和騎拉帝納的空間，然後又開始將米琪那鎮的古老傳說娓娓道來…
這時候，從DP第一部劇場版裏面時間空間雙神為什麼會相遇，第二部裏面冥王龍為什麼會如此失態衝出反轉世界這一切的一切都解開了）
一切要從上古時代，相傳創造了萬物的幻之神奇寶貝亞爾修斯(Arceus)為救許多神奇寶貝而撞向隕石的事情說起。
故事情節（第二回）
由於和隕石相撞，亞爾修斯陷入瀕死。原因是衝擊波使亞爾修斯失去了它持有的16個命之源。
一名叫達莫斯的男子找到了丟失的命之源並交給了亞爾修斯。為了感謝達莫斯的幫助，對米琪那的土地荒蕪感到同情的亞爾修斯用自己命之源中的水、草、地面、雷電和龍的力量取出做成『生命寶玉』，並借給了達莫斯。達莫斯用生命寶玉帶來的亞爾修斯的力量使米琪那的土地變得富饒起來。
然而，達莫斯與亞爾修斯間就借給生命寶玉立下約定，『到下次太陽消失的哪一天——』意味着在下次日食出現的時候，達莫斯就要把生命寶玉交還給亞爾修斯。
相信了達莫斯的亞爾修斯借給了他生命寶玉，之後米琪那的土地逐漸變得濕潤，並豐收起來。然後，該把生命寶玉交還給亞爾修斯的約定的日子到來了……