「向天皇陛下謝罪的只有我山本一人」
「向天皇陛下謝罪的只有我山本一人」
4日10時50分，通信參謀田雄四郎旋風一般衝進了「大和」號作戰室，發布了一條令人震耳欲聾的消息：「『赤城』號、『加賀』號、『蒼龍』號遭敵陸基飛機和艦載機攻擊後起火，擬以『飛龍』號迎戰敵航空母艦。」電報是阿部弘毅從「利根」號上發過來的。在此後的3天里，焦頭爛額的宇垣再也沒有閒情逸緻去記他的《戰藻錄》了。6月7日，他在續寫的日記里如此形容當時的情形，「這份令人傷心的報告，使作戰指揮室里頓時蒙上了一層濃厚的陰雲」。
突如其來的噩耗如晴天霹靂，震得所有人目瞪口呆。山本看上去還算冷靜，他那因胃部疼痛稍顯蒼白的臉只是微微戰慄了一下。原來的樂觀氣氛一掃而空，作戰室里空氣凝重得幾乎令人窒息。開戰以來，南雲機動部隊一路凱歌高奏，捷報頻傳。對此次由南雲擔任開路先鋒、山本親自坐鎮中軍的中途島之戰，沒人對最終結果有過一絲懷疑。儘管有著如此自負，但包括山本在內的所有人都清楚，想取得前輩東鄉對馬海戰那樣的戰績顯然是不可能的——今天主場作戰的美國人絕非當年勞師遠征的俄國第二太平洋艦隊那樣的軟柿子。大家不敢奢望勝利之後所有艦船都完好無損，損失1艘航母當屬正常，損失2艘雖說是嚴重的挫折，但勉強可以接受。現在一下子就損失3艘，完全出乎所有人的預料。
此時，山本在廣闊戰線上多路推進的戰略立即暴露出致命缺陷。他的幾支部隊相距太遠，短時間內無法聚攏形成拳頭。此時主力艦隊位於南雲西北550公里，近藤在南雲西南650公里。儘管2支部隊有相當可觀的水面戰力，但各只有1艘輕型航母，用於自保尚嫌不足，更不用說與美軍重型航母對抗了。目前只有角田第二機動部隊的「龍驤」號和「隼鷹」號可以提供有效空中支援，它們擁有的艦載機超過了60架。角田遠在3000公裡外的荷蘭港附近，即使接到命令立即南下馳援，最少要3天才能趕到核心戰場。在此期間，山本只能指望眾多水面艦艇能有機會靠近美軍航母實施貼身肉搏，靠大口徑艦炮和魚雷攻擊對方。
雖然前景暗淡，但眼下就認輸為時尚早。日軍還擁有「飛龍」號，指揮它的又是有勇有謀、敢打敢拼的山口，當前線傳來山口已派出攻擊機群的消息時，大家都希望奇迹能夠出現，心中默默為山口和「飛龍」號這根救命稻草祈禱。
眾參謀中最激動的當屬為中途島之戰嘔心瀝血的黑島。完全失去理智的首席參謀目眥欲裂，時而痛哭流涕，時而以雙手猛擊桌子，舉止癲狂。黑島提出，調角田第二機動部隊迅速南下，為遭受重大損失的第一機動部隊輸入新鮮血液。撤銷部署於夏威夷和中途島之間的潛艇警戒線，所有潛艇快速轉向西北奔赴作戰區域，同時用戰列艦將幾艘受傷航母全部拖回去——原來讓這些「主力艦」跑大老遠就為了幹這種事！
但這畢竟是一群訓練有素的職業軍人。在隨後一小時里，山本和參謀們逐漸從之前的沉重打擊中恢復過來。對費盡九牛二虎之力方爭取到的中途島作戰，山本當然不肯以如此局面草草收場。目前最大問題是南雲的飛行甲板嚴重不足，如果角田能夠把「龍驤」號和「隼鷹」號迅速向南開進戰場，挽回不利局面尚有可能。在召集角田部隊的同時，必須儘快組織起儘可能多的水面戰鬥力量。12時20分，山本向包括阿留申作戰各部隊下達了聯合艦隊第155號作戰命令：
一、12時整，主力艦隊位於北緯35度08分、西經171度05分，航向120度，航速20節。
二、補給船隊暫時脫離主力艦隊，山本將親率主力艦隊快速馳援南雲。
三、田中登陸船隊暫向西北方向避讓，近藤部隊以最快速度與南雲會合。
四、第二機動部隊迅速南下，前往增援第一機動部隊。
五、第三和第五潛艇戰隊迅速前出至西經168度、北緯26度～36度間展開。
隨後不久，山本又命令田中船隊不要跑得太遠，在中途島以西920公里處待機。一旦戰局出現有利變化，則立即掉頭東進攻佔中途島。
南雲於13時接到了命令，他對美軍的情況始終處於懵懂狀態。從下午到晚上，各偵察機的報告如雪片一般飛來，很多自相矛盾且漏洞百出。但有2份報告對南雲對局勢的判斷起到了關鍵作用，分別是「築摩」號岳琦的報告以及「嵐」號審問美軍飛行員的供詞，後者於13時30分通過第四驅逐艦戰隊司令官有賀幸作同時發給了山本、南雲、近藤和小松。美國人的確有3艘航母，這一消息讓南雲試圖在晝間利用水面艦艇翻盤的希望徹底破滅。如此規模的航空兵力，足以在日軍艦艇接近至炮擊距離前將其徹底粉碎。但從上述情報可以看出，美軍艦隊中沒有戰列艦，護航艦隊全是輕型艦艇，這對南雲無疑是一個好消息。
「大和」號上，山本的精英參謀仍在竭盡全力試圖挽回敗局。除美軍航母，下一步登陸作戰還必須面臨中途島陸基航空力量的威脅。有人提出，這一問題可以用艦炮來解決。如果近藤能夠派出重型艦隻於當晚炮轟中途島，那5日早上，他們就只需集中力量對付美軍航空母艦。13時10分，山本再次下達了第156號作戰命令：
一、集中所有兵力，消滅敵軍艦隊。
二、近藤部隊抽調部分力量炮擊中途島，摧毀敵軍航空基地。
三、暫緩佔領中途島及基斯卡島。
黑島建議，對美軍實施夜間攻擊以彌補損失。日本海軍以擅長夜戰著稱，此時雙方距離也使5日晚上的夜戰成為可能，前提是美國人西進或停在原地不跑。如果山口和「飛龍」號能創造奇迹極大削弱美軍航空兵力，戰局也許尚能維持。在向各部發出作戰命令的同時，主力艦隊開足馬力衝破重重濃霧向戰場駛去。
接令之後，近藤將夜間炮擊中途島的艱巨任務交給了栗田健男的近距離支援部隊。既然登陸船隊暫時退卻，田中也就不再需要栗田的「近距離支援」了。近藤還想把戰列艦「金剛」號和「比叡」號同時配屬給栗田，但這2艘艦距中途島尚遠，5日日出之前不可能趕到中途島。思忖再三的近藤只好作罷。
接到近藤命令的栗田於15時率第六巡洋艦戰隊「熊野」號、「鈴谷」號、「三隈」號、「最上」號及第八驅逐艦分隊「朝潮」號、「荒潮」號全速向中途島發起衝刺。即使這幾艘巡洋艦的航速為日本海軍之冠，但在5日黎明之前趕到中途島依然希望不大。況且在實施炮擊之後，栗田還必須在光天化日之下撤出戰鬥。毫無空中保護的艦隊勢必遭到中途島陸基航空兵和航母艦載機的雙重追殺。但是軍令如山，作戰命令必須執行，栗田只好懷著悲壯的心情向東急駛。按說驅逐艦速度已夠快了，但依然趕不上那4艘以35節高速行駛的巡洋艦。到23時，它們已完全消失在巡洋艦的視野之中。栗田下令各艦做好最壞打算，一旦炮擊失敗，就組織水兵敢死隊上岸實施爆破。
「大和」號作戰室里群情激憤，只有宇垣尚保持著難得的冷靜。他對這項希望渺茫且充滿危機的冒險行動憂心忡忡。但既然山本已下達命令，宇垣作為參謀長也不好再說什麼。最後這項行動還是被取消了，可決策明顯慢了不止半拍，最終釀成了「三隈」號的慘劇。
噩耗很快接踵而至。17時30分，山本和近藤同時收到了南雲發來的電報：「『飛龍』號中彈起火。」步南雲後塵，被寄予厚望的山口也在美國人面前鎩羽而歸，作戰室內舉座皆驚。「猶如當頭一棒，」宇垣對此悲痛地說，「在這僅存的一艘航母身上寄託著我們的全部希望。它單槍匹馬、英勇奮戰，重創2艘敵軍航母，最後不幸罹難，我的天哪！」宇垣與山口是「海兵」的同班同學，私人關係非同一般，都對南雲缺乏好感。山口經常向宇垣發牢騷，認為南雲和草鹿缺乏魄力。作為上級，宇垣對這種行為非但不加制止，反倒慫恿山口越過南雲直接向上級彙報。現在連自己最信得過的山口也遭遇敗績，怎能不讓宇垣痛徹心扉？
在主戰場發生諸多戲劇性事件的同時，北邊阿留申前線也沒有閑著。4日下午，角田派出11架俯衝轟炸機、6架魚雷機和15架戰鬥機再次空襲荷蘭港。飛行員在目標上空遇上了晴朗天氣，空襲炸毀了美國人4隻油罐、「西北」號營房船、正在修建的一個機庫以及醫院一角。在飛往會合點途中，「隼鷹」號機群在奧特角機場上空與美軍8架P-40戰鬥機狹路相逢。在隨後爆發的空戰中，日軍損失戰鬥機1架、轟炸機2架，另有2架轟炸機因傷勢過重在海上墜毀。
美國人並非只守不攻。就在角田派出戰機空襲荷蘭港的同時，他們的行蹤同樣被美軍1架「卡塔琳娜」發現。西奧博爾德立即派出陸軍B-26和B-17前往攻擊第二機動部隊，不但未獲任何戰果，反而損失兩種飛機各一架。看來美國陸軍轟炸機想在攻艦方面有所作為還需假以時日。
4日下午，細萱從「大和」號上收到的電報時斷時續。參謀長中澤佑判斷南方戰場可能出了問題，「綜合得到的信息，得到的印象是第一機動部隊可能遭到了意想不到的重創，不禁為此感到萬分擔憂」。
空襲荷蘭港的機群剛剛出發，角田就接到「大和」號發來的命令，「第二機動部隊迅速南下與南雲會合」。隨後又有新命令傳來，對中途島和基斯卡島的登陸延期實施。於是角田在回收攻擊機群后掉頭南下，前往與南雲第一機動部隊會合。
4日18時對美軍來說是一個重要轉折點，他們開始從尋求勝利轉向擴大戰果。弗萊徹的首要問題是妥善處理已被打成半身不遂的「約克城」號。在留下「休斯」號暫時看護「約克城」號之後，弗萊徹率剩餘艦隻逐漸向斯普魯恩斯靠攏。留在原地很可能與日軍發生水面夜戰，6艘驅逐艦上擠滿了航母倖存人員，水面戰鬥對美軍無疑是非常不利的。
雖然之前並未就此溝通過，但在不與日軍進行水面夜間戰鬥這點上，斯普魯恩斯和弗萊徹可謂不謀而合。對日軍無線電情報的分析提供了以下明顯跡象：一支龐大的艦隊正從西北方向快速駛來，西南方向也出現了不斷逼近的另一支艦隊，曾經襲擊荷蘭港的那支日軍航母艦隊可能也正從北方擠壓過來。中途島以西海域剎那間劍拔弩張、風聲鶴唳。
如果艦隊繼續西進，斯普魯恩斯判斷自己很可能與日軍占絕對優勢的水面艦艇迎頭相遇。即使雷達使他擁有夜間更明亮的眼睛，但他不敢斷定自己能在日本人擅長的夜戰中佔得上風，夜間追逐南雲已遭重大打擊的艦隊可能使他和弗萊徹白天贏得的勝利前功盡棄。之前的交戰已使戰場形勢明顯有利於自己，但美軍也為此付出了慘痛代價。此時尚能作戰的飛機包括65架俯衝轟炸機、54架戰鬥機和區區3架魚雷機。「約克城」號毫無戰力且已成為累贅。美國人缺乏足夠的護航驅逐艦，它們的油料已處於警戒狀態。根據戰前情報，日軍艦隊中有數量可觀的戰列艦——事實上沒算上山本主力艦隊，南雲和近藤會合后將擁有4艘快速戰列艦，各配有8門356毫米主炮。美國人沒有戰列艦，其重巡洋艦最大主炮口徑只有203毫米。
作為大艦巨炮派的忠實擁躉，斯普魯恩斯當然明白用巡洋艦和戰列艦對抗結果將是災難性的。現在他依然有2艘航母，對手很可能已經沒有了。如果自己端著衝鋒槍去和手持匕首的敵人近身肉搏，那才真正是腦子進水。航母的攻擊力來自艦載機，它們在夜間無法起降，黑夜中的航母由攻擊利器變成了不折不扣的累贅。與艦體低矮的巡洋艦和驅逐艦相比，「企業」號和「大黃蜂」號就像水面上矗立的兩座摩天大樓，它們缺乏重型裝甲和大口徑火炮，如果進入對方戰列艦的火炮射程，則會被敵人毫不費力地摧毀。
斯普魯恩斯無法判定，白天擊沉或重創的是不是敵人全部4艘航母。戰前情報顯示日軍在戰場可能存在第5艘航母。況且斯威尼的空中堡壘在攻擊「飛龍」號返航時，曾被來歷不明的零戰追擊。這些戰鬥機可能來自那艘燃燒的航母，也可能敵軍另1艘航母已抵達戰場。日本人絕不會就此罷休，中途島依然面臨著嚴重威脅。為應對第二天可能出現的意外，保存現有戰力十分必要。斯普魯恩斯始終牢記，自己的首要任務是保衛中途島，同時儘可能減少艦船特別是航母的損失，「遵循不輕易冒險的原則」是臨行前尼米茲再三叮囑過的。重創敵軍4艘航母，而自己僅1艘受損，這樣的結果完全可以欣然接受，現在為了日軍殘餘部隊拿寶貴的航母再去冒險顯然不明智。
「我認為冒險同可能佔優勢的敵人進行水面夜戰完全是不可取的，」這是斯普魯恩斯思忖再三得出的結論，「另外，我不想在第二天上午距中途島太遠。」他希望第二天晨曦初現時到達中途島東北320公里處，「這樣進可追擊潰逃的敵人，退可確保中途島無虞。」於是19時15分，斯普魯恩斯下令完成飛機收容作業的艦隊掉頭東行，直至午夜，速度是中性的15節，之後向北航行1小時，黎明前再轉回西行。這樣，他的艦隊就可以與敵人保持一定距離，處在一個相對安全的範圍之內。這一決定儘管之後遭受了諸多非議，但無疑可以繼續保持當前的優勢，明智地保證了中途島戰役美軍的絕對勝利。
做好上述安排，斯普魯恩斯回到住艙安然入睡。數年後，他在接受採訪時如此說：「我身邊的戰友都很優秀，他們明白自己的職責並能完美地執行。我為什麼不能好好地睡一覺呢？」他深知第二天的行動依然危險，必須保持清醒頭腦去冷靜面對。事實正如斯普魯恩斯所料。如繼續西進，他們將與南雲和近藤會合后的日軍迎頭相遇，一場以艦炮和魚雷為主要攻擊手段的水面夜戰將不可避免，這正是日本人迫切希望的。斯普魯恩斯退避三舍的做法讓日軍挽回敗局的希望徹底落空。
從登上「長良」號那一刻起，魚雷戰專家南雲就一直積極做著進行水面對決的各種努力。即使目睹了「飛龍」號的覆滅，南雲打夜戰的期望仍絲毫未減，他甚至準備抽調救助受傷航母的驅逐艦參與夜戰的偵察和攻擊。但隨後「築摩」號2號機發回了一條令人沮喪的消息：「敵軍東撤，航向70度，航速20節。」這說明之前打得順風順水的美國人並未乘勝追擊，而是詭異地掉頭返航了。不管敵人意圖何在，南雲精心策劃的夜戰計劃很可能因此泡湯。首席參謀大石保建議，派出「長良」號唯一一架夜視偵察機繼續搜尋美軍艦隊行蹤。區區一架偵察機在暗夜裡捕捉茫茫大海上的一支艦隊——美軍實施燈火管制是毫無疑問的——成功概率和朝黑暗中開槍毫無二致。但求戰心切的南雲毅然下達了偵察機出擊的命令，他對於誘敵夜戰已到了急不可耐的地步。
草鹿後來將機動部隊的行動形象地形容為「追蹤天邊的彩虹」，「坦率地講，我們的處境非常困難。但為了帝國海軍的榮譽，我們絕不能輕易後退，只有一往無前。現在看來，我們當時只是盲目地亂跑一氣，一廂情願地想打一場夜戰」。
正快速馳援的近藤同樣進行著夜戰的積極準備，他於17時50分電令所部：
一、利用月色，以密集戰鬥隊形與敵作戰。
二、第五巡洋艦戰隊、第二驅逐艦戰隊、第四驅逐艦戰隊可相機單獨行動。
三、攻敵魚雷深度定為4米。
很快，「築摩」號二號機又來添亂。18時30分，「築摩」號向南雲發來燈光信號說：「我二號機於14時13分發現敵航母4艘、巡洋艦6艘、驅逐艦15艘，在燃燒傾斜的那艘敵航母以東30海里，敵部隊正向西運動。我機發現它們后不久遭敵艦載機追擊，后失去目標。」
18時36分，山本和宇垣收到了那份「敵軍東撤」的電報。在海圖上簡單測算之後，宇垣發現撤退中的美軍艦隊距近藤僅185公里。於是19時15分，他以聯合艦隊司令部的名義下達了第158號作戰命令：
一、敵艦隊實際已被擊潰，正向東退卻。
二、附近所屬各部立即全速追殲殘敵，同時佔領中途島。
三、南雲部隊、近藤部隊（缺栗田部）及潛艇部隊應立即接敵並攻擊之。
20時30分，山本再次補發電令：「炮擊摧毀中途島航空基地的任務23時前由『伊-168』號潛艇承擔，23時後由第七巡洋艦戰隊承擔。」
接到電令的南雲認為，司令部發出上述命令源於對敵情的錯誤估計。之前「築摩」號二號機提供的信息表明，美軍航空兵力佔據絕對優勢，自己的大部分驅逐艦正守護在幾艘受傷航母身邊，無法抽身。南雲據此判斷，如果貿然在夜間向美軍靠近，一旦夜戰無法進行，第二天白晝來臨時，自己只能像蹲在海上的鴨子那樣任人宰割了。意識到這種危險的南雲最終決定放棄夜戰，選擇暫時撤退以圖來日再戰的明智方針，同時儘力挽救尚可依靠自身動力航行的「飛龍」號。南雲將上述意圖電告山本，「敵軍總兵力為航母5艘、巡洋艦6艘及驅逐艦15艘，向西航行。我們正保護『飛龍』號以18節航速向西北撤退」。
南雲的做法徹底激怒了山本。宇垣認為，第一機動部隊司令官已被眼前的失敗嚇昏了頭，如此公開違抗命令說明他「根本不想進行夜間戰鬥」。宇垣清楚美軍在太平洋上怎樣也湊不出5艘航母，他估計最多只有2艘。當前挽救危局的唯一辦法，「是由最高司令部立即發出嚴厲斥責命令」。山本當即發出電令，除「赤城」號和「飛龍」號及護衛艦隻，第一機動部隊其餘兵力統統交由近藤指揮。半年以來風光無限的南雲被戰場免職。
此時近藤正從西南疾馳而來，他身邊有戰列艦2艘、重巡洋艦4艘、輕巡洋艦1艘和驅逐艦7艘，還有輕型航母「瑞鳳」號。在近藤南面，田中已拋下登陸船隊率1艘輕巡洋艦和8艘驅逐艦匆忙北上與他會合。栗田炮擊分隊正星夜兼程沖向中途島。近藤還指望南雲的2艘戰列艦、2艘重巡洋艦、1艘輕巡洋艦和4艘驅逐艦能與自己合兵一處，為晚上可能發生的夜戰助陣。接到山本電令的近藤，立即致電各部：在中途島西北325公里處會合，「積極東進尋敵，自午夜起發起攻擊」。
此時在上午發生激戰的海域，日軍3艘主力航母已到了彌留之際。中彈僅幾分鐘，「蒼龍」號主機已經停車，舵輪系統無法操縱導致動力全失，消防管路悉數被炸毀。10時40分，「蒼龍」號已側傾在海水之中，艦首到艦尾一片火海，白色濃煙從艦體左舷噴涌而出，機庫完全被大火包圍。漂亮神氣的「蒼龍」號短短半小時內變成了一座可怕的焚屍爐。
艦長柳本很快得出了顯而易見的結論，「蒼龍」號已無可救藥。10時45分，絕望的柳本下達了「棄艦」命令，同時扯著嗓子大喊：「所有人全撤下去，一個都不許留下！」艦橋下方那條狹窄的通道擠滿了人，他們甚至不得不將手臂高高舉過頭頂以節約空間，但仍有許多人為躲避機庫中到處肆虐的大火不斷擠進來，有些人只好站在別人肩上。更多的人直接跳入海中。加上那些先前被爆炸掀進大海的人員，一時間，「蒼龍」號周圍的海面上人頭攢動，「濱風」號和「磯風」號立即靠前奮力打撈倖存者。
之前被爆炸氣浪掀入大海的金尾仍死死抓著那根救命繩子，懸在半空進退不得。看到長官如此窘迫，他的一名下屬奮力遊了過來，幫他將繩子系在腰間。這樣雖然可以保證金尾不被淹死，但他的行動因此完全受制於船體。航母仍在劇烈晃動，繩子不斷將他從海里拉出來然後猛烈撞向船體，金尾只好藉助傷腿來緩衝撞擊。
不知道過了多長時間，金尾突然發現艦橋上有人通過窗戶朝外張望。他認出那是艦長柳本。在他下一刻再向上望時，那張通紅的臉已經不見了。很多倖存者都看到，瘦小的柳本站在艦橋右舷邊上向海里的人大聲勸誡。在日本海軍中，再沒人像柳本那樣深得水兵喜愛了。他集合艦員訓話時，水兵總會提早一小時甚至更長時間趕到現場，以便站在前排能聽得更清楚一些——老酒開會總想坐在後排角落或門口，以便散會時跑得更快或隨時溜號——柳本在官兵中的威信由此可見一斑。不久，這位頗受官兵愛戴的艦長消失在「蒼龍」號的熊熊烈火之中。
金尾禁不住為柳本，也為自己的命運悲傷。突然一名船員將繩子系在護欄上迅速爬了過來，他一把抓住金尾，隨後兩人被一起拉回甲板上。上邊有四五十人。幾名船員打開了一隻箱子，裡邊裝的是桃子罐頭。一名水手用刀子打開一瓶遞給金尾，「長官，請慢用」。看到金尾仍在猶豫，水手就告訴他罐頭有很多，足夠所有人吃。飢餓的金尾把罐頭喝得連湯都一滴不剩，感覺從未吃過如此美味的東西。
16時55分，南雲命令「濱風」號艦長折田常雄，「與『磯風』號一起為『蒼龍』號護航，同時向西北撤退」。但5分鐘后，向第四驅逐艦分隊司令官有賀請示的變成了「磯風」號艦長豐島俊一：「『蒼龍』號已完全失去航行能力，怎麼辦？」半小時后，有賀命令豐島「在『蒼龍』號附近待命」，同時詢問：「如果火勢得以控制，它是否還能航行？」一小時內毫無迴音。有賀再次發報給「濱風」號及「加賀」號的護航驅逐艦「舞風」號：「『加賀』號和『蒼龍』號有無沉沒的危險，請回答。」2分鐘后，豐島對第一個問題勉強做出了答覆：「靠自身動力航行毫無希望，倖存者均已轉至我艦。」
數百名倖存者被救上了「磯風」號。突然上來這麼多人，小小驅逐艦隨時有傾覆的危險。豐島只好下令所有人不得隨意走動。他的命令明顯多餘，那些救上來的人，要麼筋疲力盡，要麼身負重傷，讓他們動也動不了。艦上一片凄慘的號哭和呻吟聲。不斷有人因傷重死去，屍體一具接一具被抬進一個單獨的艙室。
18時30分，「築摩」號發給南的燈光信號顯示那些「該死的美國人」很快要殺過來了。有賀只好給「赤城」號和「蒼龍」號的護航驅逐艦發出電報：「各艦要保護自己分管的航母，防止敵軍潛艇及特混艦隊的襲擊。如敵特混艦隊攻上來，就採用打了就跑的戰術消滅之。」發令時連有賀自己都覺得好笑，讓區區2艘驅逐艦與美軍龐大的特混艦隊交戰並消滅之，這不是開玩笑嗎？應該是被消滅才更現實吧！況且那2艘艦上裝滿了倖存者，艦體吃水已到舷邊上緣，想跑都不一定跑得了。
在「蒼龍」號甲板上，金尾看到一艘軍艦正快速靠近。忽然他想到航母前端的防空火炮還能使用，如果來的是敵艦，他們就可以死戰到底。他下令所有人進入炮位。但那艘艦上的日本海軍軍旗逐漸變得清晰起來，原來那是「濱風」號。所有人都揮舞手臂或帽子向驅逐艦歡呼。艦上向他們發出了離艦信號，並示意美軍正在接近。金尾帶領部下高呼了三聲「『蒼龍』號萬歲」，之後開始將傷員抬到驅逐艦派出的救生艇上。隨後所有活著的人都安全離開。他們身後的「蒼龍」號依然濃煙滾滾。
當落日將餘暉毫無保留地灑向浩瀚無際的太平洋時，「蒼龍」號迎來了它的最後時刻。1架美軍「卡塔琳娜」就在炮火射程之外的半空中幸災樂禍地盤旋，遠遠跟蹤這艘即將沉沒的航空母艦。大約19時，「蒼龍」號的火勢略有減弱，飛行長楠木幾登立即組織人員試圖登艦做最後努力。楠木等人尚未動身，「飛龍」號上再次發生了一次劇烈的爆炸。有人本能地發出了呼喊：「『蒼龍』號萬歲！」聽到這一喊聲的人也都呼應著叫喊起來。19時13分，「蒼龍」號艦首以怪異的方式向上翹起，船尾開始徐徐下沉。海水撲滅艦上的火焰，發出陣陣令人心悸的噝噝聲。5分鐘后，水下再次發生了一次驚天動地的爆炸。隨後海面漸漸恢復寧靜，夕陽將空曠的海面映得血紅。
「蒼龍」號的沉沒位置是北緯30度38分、西經179度13分，隨它沉沒的有1103名船員中的711人，包括爬上艦橋的柳本。事實上，當美軍最後1架「無畏式」投彈結束后，已有1/3艦員陣亡。「蒼龍」號是日軍損失的4艘航母中死亡率最高的。
19時10分前後，最後9架零戰燃油耗盡在海上迫降。驅逐艦迅速上前將飛行員救起。統算起來，「飛龍」號戰鬥機飛行員全部戰死，倖存者全部來自「蒼龍」號和「加賀」號。以海軍航空兵稱霸海上的第一機動部隊現在完全沒有空中保護了。
所幸夜幕即將降臨，美軍飛機暫時不會來找麻煩了。「夕雲」號上，一名日軍水兵的話代表了此時大部分人的複雜心情：「艦隊的命運取決於時間。我們決心盡最大的努力，但明天的命運只能聽從神的安排了。」
與「蒼龍」號相比，被命中4彈的「加賀」號同樣好不到哪裡去。雖然剛開始速度還有可憐的2～3節，但12時50分到13時之間，這艘完全失去動力的航母就停在水面上一動不動了，同時預示著損控的所有希望已經破滅。13時25分，天皇御像緊貼著1名大尉的胸脯被轉移到了「萩風」號上。
在數千米之外的海面上，陰魂不散的「鸚鵡螺」號再次升起了潛望鏡。布羅克曼少校跟蹤這艘航母已近3個小時，他認為它應該是「蒼龍」號——「加賀」號和「蒼龍」號艦島都位於右側。在少校眼中，雖然這艘受損航母的頂部明顯已被摧毀，但它看似「仍平穩地待在海面上，艦體似乎沒有受損，大火好像也控制住了，還能看見前甲板上有很多人在忙碌」。航母兩側3000米處各有1艘「巡洋艦」負責警戒——其實那是驅逐艦「萩風」號和「舞風」號。布羅克曼決定將這艘受傷的航母擊沉，免得日本人拖回去修復。13時59分，他從航母尾部、2500米外以125度角向靜止的「加賀」號射出了4條魚雷。美軍MK14型魚雷有「啞彈之王」的「美譽」，這次果真不例外。第一條魚雷並未射出，另兩條嚴重跑偏，分別從艦首和艦尾一掠而過，剩下那條在水中劃出一道雪白的航跡，直奔航母而去。
損控指揮官國貞義雄正組織人員搶險，不經意間看到了正不斷逼近的魚雷，那情景簡直恐怖極了。偏偏「加賀」號毫無機動能力，只能眼睜睜地等著挨炸。驚恐萬狀的國貞向周圍的人發出狂呼，讓大家儘快跳海逃命，同時他也縱身跳了下去。所有人都發瘋似的遊離「加賀」號，以免被即將到來的爆炸波及。那條魚雷雖準確命中艦體中部，卻斷成兩截，並未爆炸。魚雷彈頭迅速沉入水中，帶著氣倉的中央和尾部連在一起在水上晃蕩，滑稽極了。附近水面掙扎的幾名水兵見此情景，又驚又喜，立即游上去抓住了這隻上天恩賜的「救生筏」，一人甚至翻身上去騎在上邊。看見同伴把美軍魚雷當馬騎，旁邊的落水者禁不住哈哈大笑，暫時忘卻了眼前的煩惱。這些人似乎覺得此時是不該笑的，但仍忍不住笑出聲來。
布羅克曼認為自己發射的魚雷全部命中了目標，因為航母「從艦首到中部都燃起了紅色大火，許多人正從上邊跳下」。實際上，「加賀」號傷勢不斷加重並非「鸚鵡螺」號的功勞，它依然倔強地浮在水面上。
美軍潛艇立即遭到日驅逐艦的攻擊。14時10分，岩上次一指揮「萩風」號氣勢洶洶地沖了過來，布羅克曼迅速掉頭下潛至60米處。14時22分，「萩風」號一口氣投下了11顆深水炸彈。但炸彈下沉深度不夠，爆炸位置大都位於潛艇上方，只有一些小碎片崩到潛艇里造成幾處輕微的滲漏。岩上在14時31分再次發起攻擊，這次炸彈離潛艇更遠，毫無效果。見此情景，中杉清治指揮「舞風」號前來幫忙。接下來的2個小時，2艘驅逐艦投下的42顆深水炸彈讓布羅克曼痛不欲生。但他最終仍僥倖逃脫。大家為一天的辛勤努力換來擊沉1艘敵軍航母的戰績感到由衷的高興。雖然他們的不懈努力並未得到應有回報，但布羅克曼和兄弟們也真是儘力了。
跳入水中的國貞看到了不遠處的通信官小田。小田腿部嚴重受傷，血流不止，一隻手還高高舉著一大摞電報紙。國貞被小田忠於職守的精神打動，勸小田把那些該死的電報扔掉，先保住命再說。有了長官的指示，小田才如釋重負地把那些廢紙丟棄在海里。兩人找到一塊浮木緊緊抓住，一直到16時才被「萩風」號救起。同時被救起的還有魚雷機小隊長吉野晴夫，他參與了凌晨的搜索行動。吉野在艦上邂逅了同在海軍服役的一位親戚。親戚的出現讓他頗為尷尬，因為日軍戰敗了，而他仍然活著。恥辱讓吉野拒絕接受親戚拿來的乾衣服，並再三叮囑不要把自己的可恥行為告訴家人。
事實上，即使沒有「鸚鵡螺」號的打諢插科，「加賀」號同樣無可救藥。儘管飛行長天谷率消防人員與不斷蔓延的烈火搏鬥，形勢還是變得越來越無法挽救。庫存彈藥和魚雷被接連誘爆，驚天動地的爆炸聲此起彼伏。巨大的氣浪把人和幾十噸重的航母構件像火柴桿一樣拋入大海。鋼筋因長時間燃燒變得通紅，在壓力作用下逐漸崩碎。天谷決定將甲板下邊的機械工救出來，但傳令兵為大火所阻，無法下去。肯定有人擅自離崗，323名機械工只有213名死亡，其中包括機械長內海八郎。很多人要麼在之前已經死了，要麼在逃跑無望后被困在下邊。大火燒進去，他們的最終命運可想而知。
因艦長、副艦長等高級軍官均已死亡，做出棄艦決定的尷尬任務戲劇性地落在天谷頭上。天谷覺得那些飛行員在艦上不但幫不上忙，反倒成了累贅。他同時覺得富有實戰經驗的航空兵是海軍最寶貴的財富，於是下令飛行員和地勤人員迅速離艦。他自己並沒離開，作為艦上的最高指揮官，他必須對航母的命運負責。天谷想到了自殺，如果選擇一死了之，自己對「加賀」號的責任會被一筆勾銷，家人也會因此得到榮譽和優待。16時40分，天谷斷然下達了「棄艦」命令。
很多人縱身跳入了大海，只有俯衝轟炸機分隊長小川正一例外。他在「加賀」號中彈時嚴重受傷，從這樣高的地方跳下去必死無疑。小川微笑著催促天谷和其他人儘快離艦。天谷最終沒有自殺，而是選擇離開，最後他和小川擁抱告別，帶著幾名飛行員跳下海去。從海面上，他們回頭，依然可以看見小川趴在欄杆上向大家揮手致意，呼喊著給他們加油。所有人眼睜睜看著小川倒了下去，以後再也沒人見到過他。
天谷看到了離他不遠處的軍需長松川健。松川顯然已筋疲力盡，但現在所有人都自身難保，無法提供及時援助。松川對身邊漂浮的人說「我不行了」，然後慢慢沒入海中。最後他的一隻手在空中抓了幾把，完全從海面上消失。
17時15分，「萩風」號電告有賀：「天皇御像已安全移至我艦，因水兵們接到了棄艦命令，我艦已將他們全部收容。」報告顯然很不準確，艦上有800餘人或已死亡，或被烈火封在甲板下無法出來。17時50分，「舞風」號再次電告南雲；「『加賀』號已無法行動，倖存者均被接上我艦。」南雲隨即向「大和」號上的山本和宇垣做了報告。
18時，成功脫離險境的「鸚鵡螺」號再次升起了潛望鏡。布羅克曼發現被他攻擊過的那艘航母上濃煙滾滾，黑色煙柱高達300多米。19時整，三屋看見「加賀」號上連續發生了2次爆炸，巨大的艦體似乎要躍出水面，接著開始慢慢下沉，但艦體始終保持平穩。「舞風」號艦長中杉清治回憶說，「看到如此巨大的戰艦沉沒是一種可怕的場景，但它是為戰而死，高貴地逝去」。19時25分，海水淹沒了前端飛行甲板，「加賀」號帶著800名水兵沉入北緯30度20分、西經179度17分，深5000米的冰冷海底，海面上只留下無數泡沫和漂浮的殘骸。驅逐艦上的天谷哽咽著低下了頭，為自己未能自殺殉艦而羞愧：「我原本應當和它一起死去的。」
1999年9月，美國海軍海洋測量局和一家水下勘探公司聯合宣布，在中途島外海發現了「加賀」號的部分殘骸，包括兩座防空炮台及一部分飛行甲板等，但航母的主艦體至今仍未發現。
在中彈后相當長一段時間裡，「飛龍」號顯然還未到不可收拾的地步。21時，「捲雲」號艦長藤田勇報告南云：「『飛龍』號航速仍達28節。」但因艦橋難以立足無法駕駛，「飛龍」號最終在21時23分停了下來。「風雲」號、「捲雲」號和「谷風」號冒著巨大危險靠上前去，用水管向航母潑水滅火。21時30分，「夕雲」號駛向「築摩」號，讓後者傳來更長的水管。機庫積水導致「飛龍」號左傾超過15度，連「捲雲」號的桅杆都被撞斷。傷員開始向驅逐艦轉移，飛行員加藤覺在早上攻島時腿部受傷，實在找不到合適地方，軍醫在一個洗澡間為他進行了截肢手術。
到午夜時分，「飛龍」號已沒有任何希望了。雖然火勢一度得到控制，但23時58分，航母上再次發生了一次劇烈誘爆，連艦橋外的懸吊彈盾都著了火。山口、加來和副艦長庚隆史、飛行長川口益及一眾參謀只好撤離艦橋來到了飛行甲板上。
所有活著的人都聚到了未被大火佔領的飛行甲板左後部，「飛龍」號已無可挽救。工程參謀久間武雄向首席參謀伊藤清六建議，無論如何也要把山口轉移到安全之地，必要時可以使用武力。伊藤並不贊同，「你就是將他硬拖下去，我敢肯定這位意志堅定的將軍以後還會自殺。他已決心與航母共存亡，讓他做自己想做的事才是正確的方式」。
儘管平時御下極嚴，但所有下屬都願與山口同生共死。大家一致推舉伊藤將眾人的心愿轉告司令官。山口堅決反對：「諸位願陪我一同為國捐軀的美意令我不勝感動，甚感欣慰。但你們年輕人必須離艦，這是我的命令。」加來提出自己作為艦長，已決意與艦同沉，懇求山口儘快離艦，山口笑著搖頭拒絕。皎潔的月光照在殘破的甲板上，兩位指揮官就要跟部下訣別了。
5日2時30分，加來下令「棄艦」。20分鐘后，兩人向艦上約800名水兵發表了訣別講話。先發言的加來鼓勵所有將士今後繼續為天皇戰鬥，相信他們一定會成為日益強大的日本海軍之中流砥柱。隨後矮個子的山口站在了一個鐵餅乾盒上，發表了慷慨激昂的告別演說。他講話的大意是：身為第二航空戰隊司令官，他對「飛龍」號和「蒼龍」號的損失負全部責任。「我將與艦共存亡。現在我命令你們全體離艦，繼續為天皇陛下的偉大事業效忠。」全體人員轉向東京方向，由山口領頭三呼「天皇萬歲」。軍樂隊奏響了悲哀的軍號，船員齊聲唱起《君之代》，山口的將旗和「飛龍」號的戰旗在歌聲中徐徐落下。
儀式結束之後，伊藤根據久馬的建議向山口索要一件紀念品。山口摘下黑色軍帽遞給了他，接著與加來一起同參謀作訣別之飲。大家喝的是從驅逐艦上送上來的一小桶水。山口轉身告訴加來：「今晚月色如此皎潔，你我一同仰月沉水如何？」
「確實看起來非常明亮，」加來表示贊同，「這應該是第二十一天的月亮吧？」
軍需官提醒加來，保險柜里還放著不少日元，請示如何處置。加來告訴他：「就放在那裡吧，我們在穿過冥河時可能需要它們。」山口大笑著接過了話頭：「說得對呀，我們需要用它們在陰間美美飽餐一頓！」
伊藤問司令官還有什麼遺言，山口沉吟片刻后說：「是的，我還有兩句話。請你轉告南雲將軍，對今天發生的一切我沒有任何抱歉之語。我只希望日本海軍越來越強大，並且能報今日之仇。」山口最後一句話顯然是帶給第十驅逐艦分隊司令官阿部俊雄的，「用魚雷擊沉『飛龍』號吧。」
5日3時15分，加來下令全體離艦。首先登上「捲雲」號的是一位身強力壯的大尉，他的胸前緊緊貼著天皇御像。撤離工作進行得有條不紊。一直到4時30分，伊藤和久馬才最後離開。他們順著掛在左舷的一根繩索攀緣而下，隨後上了一隻小艇。久馬忍不住回頭去看，依稀看到山口和加來站在那裡向他們揮手。此刻，他徹底失去了冷靜，眼淚嘩啦啦流淌下來。從1940年12月起，久馬就一直跟著山口，在他身邊工作的時間最長。「長期以來我一直很崇拜他，我至今仍然認為他是我一生中遇到的最偉大的男人。」
作為山口的同學，一向自視甚高的宇垣在6月6日的日記里寫道：「他的確是一位有遠見的人。他能體諒別人，為人忠厚，行動果斷。他向上司很有力地提出的積極建議，對作戰的勝利貢獻很大。在這方面他比其他司令官更為突出，由此贏得了一個高尚的地位。」當山口的死訊傳到北方時，第二機動部隊司令官角田為此痛苦不已，他同樣對山口頌揚備至。角田坦誠地向奧宮吐露了心聲：「山口將軍要是能擔任機動部隊司令長官該有多好，我情願在他的手下工作！」要知道，山口不但比角田小一歲，從「海兵」畢業也晚了一年。作為對手，美國人對山口同樣評價頗高。在總結中途島海戰的戰績時，他們將日軍損失山口這樣有魄力的海軍將領視為一項重大戰果。
5日5時10分，太陽從海平面上徐徐升起，「捲雲」號準備執行山口的最後命令。驅逐艦左舷的魚雷進入了發射狀態，甲板上的水兵緊緊抓住欄杆，默默抽泣，很多人甚至哭出了聲。第一條魚雷因發射太深未能命中，艦長藤田勇繞到右舷又發射了一條。劇烈的爆炸將航母艦首抬出了水面。斷定航母鐵定沉沒的藤田掉頭返航，那邊阿部正召喚他呢。
如果要在日軍中找一個類似美軍格雷那樣的人，這個人無疑正是藤田勇。就在「捲雲」號轉身離去之時，「飛龍」號甲板上忽然躥出一大群人，向正在離去的驅逐艦揮舞手臂和帽子。因擔心天亮之後遭到美軍空襲，藤田勇相當冷酷地決定將那些新出現的活人留在那裡，事實上他完全有時間派小艇將他們接走。
藤田勇的判斷絕對有誤，頑強的「飛龍」號依然停在海面上，遲遲不肯入水。7時30分，宇垣致電阿部：「『飛龍』號是否已經沉沒？希報告事態發展情況及該艦具體位置。」南雲聞訊，立即派「長良」號的一架水上飛機前往查明。飛機到達指定海域上空，看到的是一片汪洋大海。真實情況並非如此。
日軍千方百計欲保全的莫過於「赤城」號了，這艘第一航空艦隊的旗艦可以說是日本海軍航空兵的象徵。雖然僅中了1顆炸彈，但隨後產生的一系列誘爆徹底毀掉了這艘航母。南雲和草鹿離開后不久，11時30分，青木就下令所有傷員和飛行員撤離。5分鐘后，機庫中的魚雷和炸彈接連爆炸，導致火勢更加猛烈。青木和參謀之前被大火逼出艦橋，已退到了飛行甲板前部，現在又不得不轉移到前錨機甲板。
12時03分，「赤城」號突然向右轉動，這一莫名其妙的轉圈救了藤田恰與藏的命。浮在水面許久的藤田恰與藏發現一根巨大的煙柱逐漸接近，最後變成了一艘航母，他認出那是「赤城」號。當航母距他大約2公里時，藤田開始奮力朝它和護航驅逐艦游去。「野分」號的一挺機槍瞄準了他，藤田立即打手勢示意是自己人。「野分」號副艦長青木廣一和領航主任金井敏郎都是藤田「海兵」的同學，他們認出在水上掙扎的老熟人並將他拉上了驅逐艦。藤田換上今井拿來的乾衣服后吃了點東西，嚴重的體力透支使他很快坐在甲板上睡著了。
13時38分，絕望的青木下令將天皇御像轉移到「野分」號上。毫無疑問，它依然緊貼在某一位不知名軍官的胸膛上。13時45分，青木向山本和南雲報告「赤城」號火勢依然很猛。15時45分，機庫里再次發生了一次殉爆，前機庫隔板被徹底炸穿，熊熊大火開始朝甲板前段和中段蔓延。到19時15分，一切希望都成了泡影。輪機長冒著煙霧和烈火衝上甲板報告青木，「航母靠自身動力航行已無任何指望」。青木當即下令輪機艙內的人統統撤出來，但顯然已經太晚了，派出的傳令兵一去不返，輪機人員全被封死在下面。經請示南雲批准，青木下令所有倖存者撤離。兩小時后，包括青木在內的約500人擠上了「嵐」號，另有200人上了「野分」號。
青木從驅逐艦上致電南雲，請求批准將「赤城」號擊沉。「大和」號上的山本和宇垣截聽到這份電報后震驚異常。主力艦隊正快速東進尋敵夜戰，此時放棄「赤城」號為時尚早。22點25分，山本電令南雲，「暫緩處置『赤城』號」。這一命令隱含著對青木的責備，於是他獨自返回航母，回到尚未被大火波及的拋錨甲板，把自己綁在起錨絞盤上等死。
夜色無情吞噬了太平洋，山本和宇垣在焦急中等待近藤與美軍接觸的消息。直到午夜，前方再無新消息傳來，日本人慾通過夜戰挽回敗局的希望越來越渺茫。23時30分，離日出只有4小時了。宇垣推斷說，「在黎明之前與敵人進行水面夜戰希望不大，」同時提出警告，「不要讓參加夜戰的部隊走得太遠，否則黎明之後局勢更加難以控制。」
眾參謀在海圖上比畫了一番，揭示了另一事實：肯定將在黎明之後才能抵達中途島的栗田炮擊艦隊，勢必在第二天上午暴露在美軍航空兵的打擊之下。5日零時20分，山本下令致電栗田：取消炮擊計劃，以最快速度返航向主力靠攏。司令部內亂作一團，無人想到要將上述命令傳達給同樣執行炮擊任務的「伊-168」號潛艇。
渡邊隨即提出一個新見解：讓主力戰列艦於5日在光天化日之下沖向中途島，利用威力強大的巨炮對該島實施轟擊，黑島立即表示贊同。兩人興奮地把這一計劃向山本和宇垣做了彙報。聽完渡邊的解釋，山本和顏悅色地告訴這位他最親近的參謀：「你肯定在海軍參謀學院學習過。綜觀海軍歷史，用海軍艦艇攻擊地面部隊是極端愚蠢的。」渡邊尷尬地低下了頭：「是的，長官，我知道。」
山本接著說：「你的計劃違背了海軍最基本的準則。現在進行這樣的作戰為時已晚。本次作戰已接近尾聲。在下棋時，過多拼殺只會導致滿盤皆輸，最後輸得一乾二淨。」
宇垣顯然沒山本那麼克制，他大聲訓斥兩人的主意簡直是「老婦之見」：「這完全是個沒有經過大腦的愚蠢計劃。你們應該明白，用艦隊火炮進攻陸上堡壘是多麼荒唐。眼下敵人不僅艦載機實力依然雄厚，還有相當強大的陸基航空兵力，佔有島上完好無損的機場。即使是威力強大的戰列艦，也可能在發動有效炮擊之前就被敵人的空中力量和潛艇擊敗。」
可能以前老不得寵，受壓抑慣了，逮住機會的宇垣得理不饒人：「如果情況允許，等角田部隊到達后，我們還能發起一次攻勢。即便最終不能發動攻勢只好認輸的話，我們還沒有輸掉整個戰爭。雖然損失了4艘航母，但我們依然將有8艘。在今後的戰鬥中，我們還是大有希望的。」他轉頭以尖刻的語氣告訴黑島和渡邊，「一盤棋敗局已定，還一再逞強硬拼，只有毫無頭腦的笨蛋才會做出這樣的計劃。」
宇垣終於發威，一向受寵的黑島和渡邊被訓得啞口無言，只好躲一邊反省去了。渡邊明顯覺得山本認為局勢已無可挽回，現在最明智的選擇就是退卻。他匆忙起草了一份中止戰鬥、安排會合地點的電文，在措辭上居然避免了「撤退」一詞。山本隨即予以批准。5日2時55分，「大和」號向參戰各部下達了聯合艦隊第161號命令：
一、撤銷攻佔中途島計劃。
二、主力艦隊負責集合近藤、南雲部隊（缺「飛龍」號及護航艦隻），於6月7日上午在北緯33度、東經170度位置加油。
三、登陸船隊向西行駛，脫離中途島美軍陸基飛機的攻擊範圍。
電文中並未提及對「赤城」號的處置。作戰室里，山本召集眾參謀認真討論了這一問題。是同意青木的意見將之擊沉，還是冒再打一仗的風險衝進去把它拖走？島據理力爭說，如果輕易放棄「赤城」號，美國人會把它「拖到舊金山去展覽」。黑島再次痛哭失聲，哽咽著說：「我們怎能用天皇陛下的魚雷，來擊沉天皇陛下的戰艦啊？！」眾參謀個個淚流滿面，連氣都喘不上來。在這個無比漫長的夜晚，眾精英參謀的情緒已到了崩潰的邊緣。
宇垣也忍不住落了淚。但他意識到，「感情歸感情，理智是理智」，現在不應再讓其他軍艦冒不必要的危險去護衛它，將之擊沉總比落在敵人手中要好。宇垣不敢輕易開口，但他相信山本一定能做出理智的決定。
渡邊認為，「司令官心裡肯定也在哭，但他眼裡沒有淚水」，現在只有山本才能做出最後的決定。沉吟良久，山本終於開了口，語調緩慢而沉重：「我曾擔任過『赤城」號艦長，但現在，我必須下令將它擊沉。對此我心中萬分遺憾。下令向『赤城』號發射魚雷。」
宇垣明顯贊成山本的做法，後來他在日記中如此寫道：「絕不能把感情與理智混為一談。」但不是所有人都贊成他的觀點，不知是誰——這人顯然不敢面對山本——哪壺不開提哪壺地質問宇垣：「我們如何就此次失敗向天皇陛下謝罪？」「交給我，」山本一字一頓接過了話頭，「向天皇陛下謝罪的只有我山本一人。」
儘管不太贊同山本力主的中途島作戰，但本次戰役畢竟事關國家的生死存亡，此刻東京軍令部作戰室里，總長永野、次長伊藤、作戰部長福留、作戰課長富岡等大腕正襟危坐，神情肅穆。前方接連傳來的壞消息令現場氣氛幾近窒息。收到「飛龍」號起火的噩耗，大家普遍認為本次作戰失敗已成定局。南雲損失了全部4艘最好的航空母艦，而美軍中途島陸基航空兵並未被完全殲滅，至少還有1～2艘完好無損的航母。這種情況下，東京的戰略家認為繼續戰鬥下去無疑是愚蠢的。
永野最擔心的還不是眼下的損失，他擔心山本為挽回敗局，用全部兵力孤注一擲去跟美軍佔壓倒優勢的航空兵力死拼。鑒於山本的倔強個性和巨大威望，永野並未貿然對前線作戰做出干預。後來富岡回憶說：「雖然當時大家都非常擔心，但一直沉默地注視著戰局的發展，沒有發出任何命令或建議，完全聽任山本大將自行指揮作戰。」當前方傳來聯合艦隊全線撤退的消息，永野等人終於鬆了一口氣。
此時最傷心的莫過三代。為反對中途島作戰他曾痛哭流涕，現在那可怕的預言終於成了現實。從這時起，三代知道日本已經輸掉了整個戰爭。飛行員出身的他明白損失那麼多航母、飛機和飛行員最終意味著什麼。
5日零時30分，青木已在「赤城」號綁了快2個小時。增田非常擔心，他讓「嵐」號放下1艘小艇，自己與航海長三浦義四郎再次登艦，敦勸青木放棄與艦共存亡的決心。三浦勸誡艦長：航母最終將由自己的魚雷擊沉，而不是被敵人擊沉，艦長無須為此做出不必要的犧牲。青木不予認可。隨後，資歷比青木深的有賀登艦，嚴令青木必須即刻離艦，青木才半推半就同意撤離。隨後，眾人安全轉移到驅逐艦上。對青木來說，還不如當時死了好，作為唯一生還的艦長，青木回國不久就被打入預備役，恥辱、愧疚和自責將陪伴他度過餘生。
5日4時50分，有賀接到了南雲轉來的擊沉「赤城」號的命令。拂曉前的海面上，大霧中的「赤城」號隱約可見。有賀率「嵐」號、「野分」號、「萩風」號、「舞風」號以12節航速從船尾向前繞過「赤城」號，像一隊執槍行刑的士兵。4艦各自向航母發射1條魚雷，之後在艦首處集合。劇烈爆炸在右舷激起了衝天水柱。驅逐艦的欄杆處擠滿了淚流滿面的倖存水兵，目睹「赤城」號低下高傲的頭向大海屈服。5時20分，航母艦尾高高豎起，指向空中，「舞風」號艦長中杉回憶說，它的沉沒「就像是被一隻巨大的手拉入海中」。眾人一起高呼：「萬歲！『赤城』號萬歲！」開戰以來橫行霸道的南雲旗艦，終於緩緩消失在北緯30度30分、西經179度08分的海面上，267名水兵隨艦陪葬。海面上泛起的無數泡沫證明了它的逝去。
「野分」號艦長古閑孫太郎回憶起當時的一幕，當他用強大的氧氣魚雷射擊自己的航母時是多麼痛心。「赤城」號竟成了他戰爭中射擊的第一個目標。「三大祥瑞」之一「野分」號從此一發而不可收，繼續「發揚傳統」擊沉友艦無數，最終榮膺「補槍王」的稱號。
從截獲的往來電文中，細萱已知曉南雲第一機動部隊遭遇重大挫折的消息。與參謀長中澤佑商議之後，細萱於5日8時致電「大和」號：「從全局出發，建議暫時終止阿留申作戰，將全部力量集中於中途島方向。」最後細萱指出，截至目前，只有角田暴露了行蹤，他和高須均未被美軍發現。
中途島之戰註定已經失敗，北方部隊再空手而歸，歸國后如何向天皇和民眾交代？宇垣適時提出建議，適當增強北方實力，阿留申作戰按原計劃照常進行，務求必勝，以挽回最後一點面子。對此，山本表示贊同。中午前後，細萱收到宇垣的電報，要給北方部隊再增加部分艦隻，同時詢問作戰能否按計劃進行。細萱立即心領神會，這正是他求之不得的事情。原來的主戰場從中途島移到了阿留申，這是之前撈不到仗打的第五艦隊建功立業的絕佳機會。細萱和中澤簡單溝通后迅疾回電：「在得到部分增援后，攻略作戰可順利進行。」
細萱將之前的計劃做了一個微小變動，取消了在阿達克島登陸的計劃。因為新發現的美軍沃特角機場距那裡只有650公里，處於美軍陸基戰機的打擊範圍之內。他電令在阿達克島西南415公里處的大森仙太郎，率攻略部隊回師攻佔阿圖島。
既然主戰場已經北移，第二機動部隊南下已毫無意義。山本於6日12時59分同時電令角田、細萱和高須：「第二機動部隊交還北方部隊。」
山本預料由於取消中途島作戰，美國人會誓死保衛阿留申。當天23時20分，他向北方部隊調去了「金剛」號、「比叡」號戰列艦，「利根」號和「築摩」號重巡洋艦，輕型航母「瑞鳳」號也受命前往北方補充角田的攻擊力量，同時前往阿留申的還有「神川丸」號水上飛機母艦及第二潛艇戰隊、第十三潛艇分隊的14艘潛艇。山本希望北方作戰能夠創造殲敵機會，用宇垣的話就是「聯合艦隊希望有機會能報中途島一箭之仇」。
在華盛頓，美國海軍部已被謹慎地守衛起來了。6月5日上午發布的最新消息表明，太平洋上正在進行一場事關國家命運的大海戰，形勢對美國人似乎有利。金上將始終關注著戰局進展。儘管日軍在中途島遭遇挫折，但他們的戰略意圖依然不明。金猜測日軍第二個航母打擊群可能已離開阿留申群島，「我認為該部隊的一部分或者全部極有可能在4日夜或5日晨離開了北方區域，去西南與中途島撤退的部隊——可能還包含聯合艦隊其他部分——會合」。金的意見遭到西北海疆司令查爾斯·弗里曼少將的反對，他認為北方戰局在持續惡化，日本人採取了令人頭疼的「貓戲老鼠」戰術，「在發動全面進攻前就已使我軍疲於奔命」。既然中途島大局已定，金當然應該迅速增援「即將陷入絕境的阿拉斯加」。
金隨後果真改變了主意，要求尼米茲考慮派出「薩拉托加」號或一支強大的特混艦隊前往北方，應對那裡即將出現的威脅。